Los efluentes y lodos ganaderos contienen altos niveles de materia orgánica, compuesta principalmente por carbono, hidrógeno, oxígeno, nitrógeno, fósforo y azufre (generalmente en forma de carbohidratos, lípidos y proteínas). Estos residuos representan un importante recurso que puede utilizarse para producir algunos bioproductos. Por ello, diferentes especies de microalgas han sido estudiadas y utilizadas a escala de laboratorio para llevar a cabo procesos como el tratamiento de aguas residuales o la bioconversión aeróbica, que se presentan como alternativas sostenibles y viables para el tratamiento y valorización de residuos orgánicos (RO). Nannochloropsis oculata puede remover contaminantes presentes en residuos orgánicos y aguas residuales incorporándolos a su metabolismo a través de la fotosíntesis, produciendo eficientemente ácidos grasos poliinsaturados, esteroles, proteínas, terpenoides, pigmentos, entre otros. El objetivo del presente estudio fue evaluar la remoción de materia orgánica durante la adaptación de N. oculata en agua residual avícola (ARA) y estiércol porcino (EP), obtenidas de plantas técnicas y semitécnicas, respectivamente, ubicadas en la zona de altas montañas del estado de Veracruz, México. El experimento se llevó a cabo en fotobiorreactores discontinuos de 250 mL con un volumen de trabajo de 200 mL, donde se estudiaron 3 relaciones inóculo-sustrato para cada residuo orgánico: 10, 15 y 20% de inóculo en ARA y 30, 50 y 70% de inóculo en EP. Además, se controlaron las condiciones de temperatura (20 ± 2 °C), iluminación (2000 lx), fotoperiodo de 12/12 (luz/oscuridad) y aireación continua. Los resultados mostraron que N. oculata fue capaz de reducir la cantidad de materia orgánica presente en el RO, alcanzando hasta un 37.91 y 37.18% de reducción de la DQO soluble en ARA (10%) y EP (70%), respectivamente.