La aplicación de microalgas en procesos de biorremediación tiene como fin remover componentes tóxicos y excesos de iones que causan eutrofización. Las algas emplean el exceso de nutrientes presentes en el agua, para producir biomasa mediante fotosíntesis. Las microalgas son utilizadas en el monitoreo ambiental, dichos organismos son sensibles ante contaminantes tanto naturales como antropogénicos, los cuales promueven o inhiben el crecimiento celular y poblacional. El presente estudio tuvo como objetivo la determinación de una matriz óptima para la inmovilización de Chlorella sp. la cual es una especie nativa de la región. Las matrices ensayadas fueron alginato de calcio al 4 % y alginato-agar 4 %. Para el cultivo se empleó medio Bold ́s y se realizó una cinética de crecimiento por cada tratamiento en cultivo tipo Bach, durante 21 días de incubación. Las variables de respuesta fueron: la concentración celular máxima, la viabilidad celular y la conservación de las esferas. La concentración celular máxima fue de 1.07x106 células. mL-1y se alcanzó a los 15 días de cultivo, en esferas de alginato al 4 %. El tiempo de duplicación fue de 0.162 y 0.141 para Chlorella sp. retenida en matriz de alginato 4 % y agar-alginato 4 %, respectivamente. Respecto a la calidad de esferas, a los 15 días de cultivo, inició el proceso de desintegración del sistema de inmovilización alginato-agar. Las esferas de alginato permanecieron sin cambios durante los 21 días del experimento. En conclusión, el mejor tratamiento para la inmovilización de Chlorella se obtuvo cuando se empleó el alginato al 4 % y se recomienda continuar los estudios para el desarrollo del sistema de biorremediación, producción de biomasa y biosensores. Se establecieron las condiciones de inmovilización para el cultivo de Chlorella sp. en matriz de alginato de calcio.